«Черное озеро наполнялось прежде из весьма обильных ключей мягкой, чистой и здоровою водою, которая по трубе переливалась в Банное озеро, имевшее посему всегда проточную и свежую воду… Вода Черного озера столько была превосходна пред прочими, что, по уверению старожилов Казанских, со всего города Казани калачники и хлебники приходили за нею и брали, дабы на ней растворять свои калачи и хлебы для придания им пышности и приятнейшего вкуса»
Так описывает Черное озеро профессор Яковкин в статье «Замечания, наблюдения и мысли о снабжении города Казани водою» в журнале «Заволжский муравей» от 1833 года. После засорения Белого озера чистая вода перестала попадать и в Черное, что привело к его заболачиванию.
По словам Яковкина, «ключи нарочно засорили, выстроили на их месте восточную линию Кузнечного ряда и остатки прежней превосходной воды беспрестанным вновь засариванием всякою нечистотою перегнали на нынешнее место, не дав воде ни малейшего протока и движения, и чрез то с Банным озером произвели посреди самого города для жаркого летнего времени две вонючие и тошнотворные, и вредоносные лужи». Половина Черного озера была засыпана в 1864 году, а в 1890-е годы Черное озеро было засыпано окончательно. Пруд, с детства знакомы современным горожанам, располагавшийся в дальней части парка, не имеет прямой связи историческими озерами.
В 1883 году в Казани был построен знаменитый Александровский пассаж – самое пышное и роскошное здание города. Именно там появился первый кинотеатр в городе, одни из первых лифтов, роскошные рестораны и номера. Однако, архитектор Генрих Руш неоднократно заявлял, что природные условия могут сыграть с пассажем злую шутку, что и произошло в 1977 году. 5 октября черноозерский корпус пассажа обрушился. Считается, что причиной обрушения является близость озерной системы, которая даже после засыпки создает опасность для строительства.
Окончательный вид озера и близлежащих территорий сформировался в XIX век и с тех пор не претерпевал существенных изменений. Черное озеро было самым большим водоемом системы. Длина его к концу XIX столетия составляла не менее 500 метров.